ВНИИГиМ является общепризнанным лидером и крупнейшим центром подготовки кадров высшей квалификации.
С 1930 года по настоящее время во ВНИИГиМ успешно работали диссертационные советы, давшие путевку в жизнь многим молодым кандидатам и докторам наук. В разные годы функционировали от 1 до 4 специализированных советов. Помимо собственных аспирантов и докторантов в Институте защищались представители различных организаций из разных городов России: Ростова, Тюмени, Пензы, Омска, Новочеркасска, Чебоксар, Элисты, Волгограда, Махачкалы, Новочеркасска и др., а также и из зарубежных стран: Таджикистана, Белоруссии, Казахстана, Йемена, Непала. За весь период работы диссертационных советов защищено 970 диссертации, из них более 60 – докторских.
Действовавший в Институте диссертационный совет Д.006.038.01 на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук по специальности 06.01.02 – «Мелиорация, рекультивация и охрана земель» (сельскохозяйственные, технические науки) работал до 16.10.2022 г. и в связи с изменением перечня научных специальностей, по которым разрешается приём диссертаций для защиты, утверждённым приказом Минобрнауки РФ от 13.01.21 № 5 прекратил свою деятельность.
В настоящее время в Департамент аттестации научных и научно-педагогических работников Минобрнауки РФ подано ходатайство «О выдаче разрешения на создание на базе ФГБНУ «ВНИИГиМ им. А.Н. Костякова» совета по защите диссертаций на соискание учёной степени кандидата наук, на соискание учёной степени доктора наук» по специальности 4.1.5 – «Мелиорация, водное хозяйство и агрофизика».