ВНИИГиМ является общепризнанным лидером и крупнейшим центром подготовки кадров высшей квалификации.
С 1930 года по настоящее время во ВНИИГиМ успешно работали диссертационные советы, давшие путевку в жизнь многим молодым кандидатам и докторам наук. В разные годы функционировали от 1 до 4 специализированных советов. Помимо собственных аспирантов и докторантов в Институте защищались представители различных организаций из разных городов России: Ростова, Тюмени, Пензы, Омска, Новочеркасска, Чебоксар, Элисты, Волгограда, Махачкалы, Новочеркасска и др., а также и из зарубежных стран: Таджикистана, Белоруссии, Казахстана, Йемена, Непала. За весь период работы диссертационных советов защищено 970 диссертации, из них более 60 – докторских.
В соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 15 июня 2023 г. № 1263/нк и на основании рекомендации Высшей аттестационной комиссии при Министерстве науки и высшего образования Российской Федерации от 9 июня 2023 г. № 16/7 на базе ФГБНУ «ВНИИГиМ им. А.Н. Костякова» создан совет по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук 24.1.007.01 по научной специальности 4.1.5. Мелиорация, водное хозяйство и агрофизика (технические науки).
| № п/п | Фамилия, имя, отчество | Ученая степень |
| 1 | Шевченко Виктор Александрович (председатель) |
академик РАН, д.с.-х.н., профессор |
| 2 | Кирейчева Людмила Владимировна (зам. председателя) |
д.т.н., профессор |
| 3 | Дедов Андрей Анатольевич (ученый секретарь) |
к.с.-х.н. |
| 4 | Бондарева Галина Ивановна | д.т.н. |
| 5 | Дедова Эльвира Батыревна | д.с.-х.н., профессор РАН |
| 6 | Добрачев Юрий Павлович | д.т.н., профессор |
| 7 | Дубенок Николай Николаевич | академик РАН, д.с.-х.н., профессор |
| 8 | Исаева Софья Давидовна | д.т.н. |
| 9 | Мажайский Юрий Анатольевич | д.с.-х.н., профессор |
| 10 | Ольгаренко Геннадий Владимирович | член-корр. РАН, д.с.-х.н., профессор |
| 11 | Сметанин Владимир Иванович | д.т.н., профессор |
| 12 | Соловьёв Алексей Малахович | д.с.-х.н., профессор |
| 13 | Ханов Нартмир Владимирович | д.с.-х.н., профессор, профессор РАН |
| 14 | Щедрин Вячеслав Николаевич | академик РАН, д.с.-х.н., профессор |
В соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 11 июня 2024 г. № 568/нк на базе ФГБНУ «ФНЦ ВНИИГиМ им. А.Н. Костякова» создан совет по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук 24.1.007.02 по научной специальности 4.1.5. Мелиорация, водное хозяйство и агрофизика (сельскохозяйственные науки).
| № п/п | Фамилия, имя, отчество | Ученая степень |
| 1 | Шевченко Виктор Александрович (председатель) |
академик РАН, д.с.-х.н., профессор |
| 2 | Кирейчева Людмила Владимировна (зам. председателя) |
д.т.н., профессор |
| 3 | Дедов Андрей Анатольевич (ученый секретарь) |
к.с.-х.н. |
| 4 | Бондарева Галина Ивановна | д.т.н. |
| 5 | Добрачев Юрий Павлович | д.т.н., профессор |
| 6 | Дубенок Николай Николаевич | академик РАН, д.с.-х.н., профессор |
| 7 | Исаева Софья Давидовна | д.т.н. |
| 8 | Кобозева Тамара Петровна | д.с.-х.н., профессор |
| 9 | Лазарев Николай Николаевич | д.с.-х.н., профессор |
| 10 | Мажайский Юрий Анатольевич | д.с.-х.н., профессор |
| 11 | Новиков Алексей Андреевич | д.с.-х.н. |
| 12 | Ольгаренко Геннадий Владимирович | член-корр. РАН, д.с.-х.н., профессор |
| 13 | Сметанин Владимир Иванович | д.т.н., профессор |
| 14 | Соловьёв Алексей Малахович | д.с.-х.н., профессор |